Ao conceber-se uma nova fase na vida do Prosepe, correspondente à de "A Floresta não tem olhos". Vamos todos olhar por ela entendeu-se enquadrar a formação de professores em moldes ligeiramente diferentes, de modo a conciliá-la também com a obtenção de créditos, os quais permitiriam a progressão na carreira docente, objectivo que só se conseguiu no ano lectivo de 2000/01.

Ponderou-se, por isso, a criação de um espaço de formação mais alargado, tanto em termos de representatividade dos professores membros dos Clubes da Floresta, como da abordagem das matérias científicas, técnicas e pedagógicas que interessava tratar conjuntamente. Surgiram, assim, as Jornadas Nacionais do Prosepe que, nos primeiros três anos decorreram durante dois dias e, nos anos seguintes, apenas durante um único dia.

Realizaram-se nos seguintes locais e nas datas indicadas: 

         I Jornadas Nacionais do Prosepe
            Coimbra, 3 e 4 de Novembro de 1997
            
        II Jornadas Nacionais do Prosepe
            Fátima, 19 e 20 de Outubro de 1998
               
        III Jornadas Nacionais do Prosepe
            Fátima, 5 e 6 de Fevereiro de 2001
              
        IV Jornadas Nacionais do Prosepe
            Coimbra, 22 de Novembro de 2004
        
        V Jornadas Nacionais do Prosepe
            Fátima, 18 de Novembro de 2005
             
        VI Jornadas Nacionais do Prosepe
            Fátima, 27 de Outubro de 2006
              
        VII Jornadas Nacionais do Prosepe
            Coimbra, 29 de Outubro 2007